Sans être une communauté chrétienne complète, comme le sont les paroisses, l'établissement Saint-Joseph constitue une famille chrétienne. Toute la « communauté éducative » s'y soutient pour grandir dans la foi en Jésus vivant. Dans ce cadre, et en lien avec les paroisses dont dépendent les élèves, des sacrements ou étapes de la vie chrétienne peuvent être préparés à Saint-Joseph.
Le sacrement de l'Eucharistie à l'école (incluant la préparation à la première confession) est proposé à partir du CE2.
La profession de foi l'est en 6 ème . Depuis 4 ans, notre évêque invite à une grande retraite à Lourdes de tous les enfants du diocèse se préparant à la profession de foi. Moment de découvertes chrétiennes intenses.
Le sacrement de la Confirmation est proposé systématiquement en 5 ème , et dans les classes suivantes. Sacrement de la maturité chrétienne, ce sacrement est préparé avec soin par une à deux rencontres par mois, et la retraite. Il suppose que les confirmands intègrent les moyens ordinaires de la vie chrétienne : prière, pratique régulière des sacrements.
Les sacrements du Baptême et de l'Eucharistie au collège et au lycée sont préparés en lien avec les paroisses des élèves.